Das Herz der Sammlungen bildeten einst ca. 30.000 Objekte, die Kaiser Franz I. Stephan von Lothringen kaufte. Er erwarb diese im Jahre 1750 von dem Florentiener Johann Ritter von Baillou – die zur damaligen Zeit größte Sammlung an Naturalien überhaupt.
Die Sammlung wuchst stetig. Schon bald reichte die Hofburg nicht mehr aus, um die Exponate unter zu bringen. So beschloss Franz Joseph I. im Zuge des Ringstraßenbaus, Platz für zwei Museen vorzusehen – das Naturhistorische und das Kunsthistorische.
Das Gebäude erstreckt sich gegenüber des Kunsthistorischen Museums Wien zwischen Museumsplatz und Burgring. Angelegt war dieses Areal als imposantes Kaiserforum, das aufgrund des Endes der Monarich 1918 in dieser Form nicht realisiert wurde.
Abteilungen des Naturhistorischen Museums: Anthropologische Abteilung, Archiv für Wissenschaftsgeschichte, Botanische Abteilung, Geologisch-Paläontologische Abteilung, Abteilung für Karst- und Höhlenkunde, Mineralogie, Ökologie, Zoologie u.v.m.
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